基于235个国控、省控监测点位，根据各地近岸海域一类、二类海水水质面积比例进行排名。平潭综合实验区所辖近岸海域面积相对较小，暂参与县级行政区水质排名。2021年1-9月，沿海市、县（区）和重点港湾海水水质排名情况如下（详见附表）。
2021年1-9月全省近岸海域水质排名情况
| 排 名 地 区 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | |
| 设区市 （自优排序） | 泉州 | 莆田 | 福州 | 漳州 | 厦门 | 宁德 |
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| 县
级 | 前10名 （自优排序） | 平潭 | 惠安 | 秀屿 | 城厢 | 石狮 | 长乐 | 晋江 | 连江 | 东山 | 思明 |
| 后10名 （倒数排序） | 福安 | 马尾 | 集美 | 涵江 | 蕉城 | 海沧 | 荔城 | 罗源 | 洛江 | 同安 | |
| 重点港湾河口 | 前5名 （自优排序） | 深沪湾 | 湄洲湾 | 泉州湾 | 厦门港 | 东山湾 |
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| 后5名 （倒数排序） | 沙埕港 | 诏安湾 | 三沙湾 | 罗源湾 | 闽江口 |
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